La USE (ultrasonografia endoscòpica) es realitza mitjançant un aparell, l’ecoendoscopi, que porta acoblat en la seva punta un transductor d’ecos, el que permet estudiar ecogràficament les parets de l’esòfag, estómac i duodè en el tram superior i fins a uns 25 cm del tram inferior (recte i una mica del còlon sigmoide).
Així mateix, permet igualment realitzar una exploració ecogràfica minuciosa dels òrgans adjacents al tub digestiu, com el mediastí, pàncrees, lòbul esquerre hepàtic i vies biliars en el tram superior i avaluar l’extensió (estadiatge) dels pòlips i tumors del recte o la seva veïnatge.
Finalment, també permet, mitjançant una fina agulla de punció guiada pel propi aparell, l’aspiració de teixit de la lesió objecte d’estudi, per tal d’analitzar-lo. Aquesta tècnica s’anomena punció-aspiració amb agulla fina (PAAF).